Значение кодов МКБ для оказания медицинской помощи, а также для финансирования здравоохранения и медицинского страхования таково, что врачи, группы пациентов, страховые компании и другие категории предельно серьезно относятся к использованию МКБ. Многие группы нередко занимают жесткую позицию относительно того, должно ли то или иное состояние быть включено в классификацию или к какой категории его следует отнести. 

Например, некоторые специалисты в области инсульта давно выступают за то, чтобы исключить инсульт из категории цереброваскулярных болезней, в рамках которой он фигурировал в течение шестидесяти лет, и перенести его в категорию неврологических заболеваний, к которой его отныне относит МКБ-11. Выступавшие за этот перенос приводили в качестве основного довода важные последствия, значимые для лечения этой болезни и регистрации случаев смерти. 

Критически важный аспект взаимодействия с МКБ состоит в том, что включение или исключение того или иного состояния не является суждением о его обоснованности или об эффективности лечения. Соответственно, происходящее впервые включение традиционной медицины рассматривается как способ регистрации эпидемиологических данных о расстройствах, описанных в древнекитайской медицине, которая широко применяется в Китае, Японии, Корее и других регионах мира.

Пересмотр включения в классификацию состояний, имеющих отношение к сексуальному здоровью, иногда осуществляется в случаях, когда культурные представления не подтверждаются медицинскими фактами. Например, в МКБ-6, опубликованной в 1948 г., гомосексуальность классифицировалась как психическое расстройство на основе допущения, что это предполагаемое отклонение от нормы отражает определенное личностное расстройство; позднее в 1970-е годы гомосексульность была исключена из МКБ и других систем классификации болезней.

В свою очередь, гендерное несоответствие тоже было перенесено из раздела психических расстройств МКБ в раздел состояний, имеющих отношение к сексуальному здоровью. Обоснованием этому служит тот факт, что, хотя в настоящее время со всей очевидностью доказано, что гендерное несоответствие не является психическим расстройством, а его включение в классификацию в действительности может повлечь за собой сильно выраженную стигматизацию трансгендерных людей, у них все же имеются значительные потребности в медицинской помощи, которые могут быть удовлетворены полнее, если это состояние будет обозначено кодом в рамках МКБ. 

Коды МКБ играют особенно важную роль в том, что касается нарушений психического здоровья, так как МКБ служит диагностическим инструментом, а потому именно эти состояния нередко привлекают к себе особый интерес, когда речь заходит о МКБ. Сюда относится игровое расстройство (gaming disorder), которое, как свидетельствуют фактические данные, представляет собой достаточно серьезную проблему для здоровья, чтобы возникла необходимость отслеживать его распространенность с помощью МКБ. В МКБ-11 отныне включены и другие виды аддиктивного поведения, такие как патологическое накопительство, тогда как такое состояние, как «повышенное половое влечение» было переквалифицировано как «компульсивное расстройство сексуального поведения».

Значительные изменения в разделе психических расстройств МКБ-11 связаны с попыткой статистиков по возможности упростить коды, с тем чтобы классифицировать нарушения психического здоровья с помощью кодов могли не только специалисты в области психического здоровья, но и в первую очередь провайдеры первичной медицинской помощи. Это чрезвычайно важный шаг, учитывая, что в мире все еще не хватает специалистов в области психического здоровья. Так, из десяти человек, нуждающихся в помощи в области психического здоровья, вплоть до девяти не получают такой помощи.